Quanto à decisão sobre a destinação do recursos, o Conselho do Fundo é soberano, não tendo os doadores do Fundo direito a decisão sobre essa destinação; ao fazer uma doação, o doador afirma ter lido e concordado com o estatuto do Fundo Pelé Pequeno Príncipe – Pesquisa em Saúde da Criança e do Adolescente, confiando portanto ao Conselho a decisão sobre a destinação, observadas as regras contidas no Estatuto. Os recursos do Fundo estarão abrigados e sob responsabilidade de instituição financeira de sólida reputação e a sua movimentação será objeto de auditoria externa.